起始材料的有效破碎和勻漿對(duì)于所有總RNA分離操作來(lái)說(shuō)都是必須的要求。破碎和勻漿是兩個(gè)獨(dú)立分開(kāi)的步驟。

• 破碎：對(duì)于組織結(jié)構(gòu)、細(xì)胞壁和細(xì)胞質(zhì)膜的*破碎對(duì)于釋放樣本中所有的RNA是必要的。不同樣本需要使用不同的方法以達(dá)到*的破碎效果。不*的破碎會(huì)導(dǎo)致RNA得率的顯著降低。
• 勻漿：勻漿對(duì)于減少破碎后細(xì)胞裂解產(chǎn)物的粘性是十分必要的。勻漿能夠切斷高分子量的基因組DNA及其他高分子量的細(xì)胞組分，得到均勻的裂解產(chǎn)物。勻漿不夠*會(huì)導(dǎo)致RNA結(jié)合效率的下降而顯著降低得率。

某些破碎方法能夠同時(shí)對(duì)樣本起到勻漿作用，而其他方法還是需要專門(mén)的勻漿步驟。表針對(duì)不同樣本進(jìn)行破碎和勻漿的準(zhǔn)則全面概述了適用于多種起始材料的不同破碎和勻漿方法。當(dāng)您針對(duì)所使用的起始材料選擇合適的操作方法時(shí)，該表格可用來(lái)作為參考。下面也將針對(duì)破碎和勻漿方法進(jìn)行更為詳細(xì)的論述。

使用玻珠研磨機(jī)進(jìn)行破碎和勻漿

在使用玻珠研磨機(jī)破碎樣本的過(guò)程中，樣本與珠子被一起進(jìn)行高速攪拌。通過(guò)珠子與細(xì)胞碰撞時(shí)的流體動(dòng)力切割和破碎作用，同步完成破碎和勻漿過(guò)程。破碎效率的影響因素有：

• 珠子的大小和組成
• 緩沖液與珠子的比例
• 起始樣本的數(shù)量
• 攪拌速度和設(shè)定
• 處理時(shí)間

細(xì)菌破碎時(shí)所使用的理想珠型為0.1毫米（平均直徑）的玻璃珠，用于酵母和單細(xì)胞動(dòng)物細(xì)胞時(shí)為0.5毫米的玻璃珠，對(duì)動(dòng)植物組織則應(yīng)使用3–7毫米的不銹鋼珠。請(qǐng)確保玻璃珠經(jīng)過(guò)濃硝酸的預(yù)先潤(rùn)洗。或者可直接購(gòu)買(mǎi)和使用市售的經(jīng)酸洗滌過(guò)的玻璃珠。關(guān)于破碎的其他參數(shù)需要依據(jù)每一應(yīng)用的經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行設(shè)定。植物材料以及相關(guān)的珠子和破碎管可先在液氮中預(yù)冷，破碎應(yīng)在無(wú)裂解緩沖液的條件下進(jìn)行。對(duì)于動(dòng)物組織則應(yīng)使用干燥的冷凍粉碎。冷凍粉碎（無(wú)論是在玻珠研磨機(jī)中還是使用研缽和杵）不同于緩沖液裂解，不會(huì)對(duì)樣本同時(shí)起到勻漿作用。

使用轉(zhuǎn)子——定子勻漿器進(jìn)行破碎和勻漿

在裂解緩沖液的存在下，轉(zhuǎn)子–定子勻漿機(jī)可同時(shí)完成對(duì)動(dòng)物組織的*破碎和勻漿，所需時(shí)間基于樣本的堅(jiān)韌程度，可在5–90秒內(nèi)完成。轉(zhuǎn)子–定子勻漿機(jī)也可以用于細(xì)胞裂解產(chǎn)物的勻漿。轉(zhuǎn)子的超高速旋轉(zhuǎn)能夠以擾動(dòng)和機(jī)械剪切的綜合方式，完成對(duì)樣本的破碎和勻漿。使用適當(dāng)大小的管子，在勻漿過(guò)程中始終保證勻漿器頭部一直處于浸沒(méi)狀態(tài)，并持續(xù)將勻漿器頭部伸入管子末端，以確保勻漿過(guò)程中樣本內(nèi)的泡沫達(dá)到zui少。轉(zhuǎn)子–定子勻漿機(jī)有不同大小型號(hào)可供選擇，并可裝配不同大小的探頭。5 mm和7 mm的探頭適合在300 μl以下的體積內(nèi)使用，并可用于離心管內(nèi)的勻漿。10 mm及以上尺寸的探頭則適用于更大的管子。

使用研缽和杵破碎

使用研缽和杵破碎時(shí)，先將樣本進(jìn)行迅速的液氮冷凍，并在液氮中將其研磨為細(xì)粉。將上清液（組織粉末和液氮）轉(zhuǎn)移至液氮預(yù)冷的適當(dāng)大小的管中，使液氮揮發(fā)但不要讓樣品融解。加入裂解緩沖液，并盡可能快地進(jìn)行后續(xù)步驟。

注：使用研缽和杵研磨樣品會(huì)破碎樣品，但無(wú)法達(dá)到勻漿的目的。勻漿作用需與此步驟分開(kāi)進(jìn)行。

使用注射器和針頭完成勻漿

細(xì)胞和組織的裂解產(chǎn)物可以使用注射器和針頭進(jìn)行勻漿。可以使用20號(hào)（0.9 mm）針頭連接一個(gè)滅菌塑料注射器，通過(guò)至少5–10次的吹打切斷高分子量的DNA，直至裂解產(chǎn)物的勻漿形成。為操作便利和減少樣品損失，也可能需要增加裂解緩沖液的體積。

一些樣本來(lái)源在其RNA或內(nèi)含物方面存在著顯著不同，可能導(dǎo)致RNA的分離和分析過(guò)程出現(xiàn)問(wèn)題。當(dāng)操作這些樣本來(lái)源時(shí)需要一些特別注意事項(xiàng)。本節(jié)將針對(duì)大量不同樣本來(lái)源的操作進(jìn)行探討。

植物

從植物材料中分離RNA會(huì)遇到一些特殊困難，常規(guī)技術(shù)在用于植物樣本之前一般要先經(jīng)過(guò)條件優(yōu)化。一些植物代謝產(chǎn)物的化學(xué)性質(zhì)與核酸相似，導(dǎo)致其難于從RNA制備產(chǎn)物中除去。（使用不當(dāng)?shù)模┘兓椒ǎㄈ琨}類或苯酚）所導(dǎo)致的代謝物（例如多糖類、多酚類和黃酮類）或污染物與目的RNA的共分離，可能造成對(duì)酶促反應(yīng)的抑制，或?qū)е伦贤夥止夤舛葴y(cè)定和凝膠電泳結(jié)果上的偏差。從植物材料中分離RNA的過(guò)程中可能遇到的困難還包括由于較高粘性導(dǎo)致的吸取體積錯(cuò)誤，以及儲(chǔ)存過(guò)程中的RNA降解問(wèn)題。

通常對(duì)植物的生長(zhǎng)條件進(jìn)行優(yōu)化，使其不產(chǎn)生高水平的植物代謝產(chǎn)物，可有助于對(duì)RNA的有效分離。由于植物種類之間存在較大差異，因此對(duì)其生長(zhǎng)條件很難有同一的指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)。不過(guò)作為普適原則，建議盡可能使用健康幼嫩的植物組織。年輕植物組織的RNA得率通常高于年老組織，因?yàn)榍罢咴诘戎貤l件下通常比后者包含更多的細(xì)胞。而且等重的年輕組織通常也包含更少的代謝物。此外，許多“自定義"的RNA分離方法都推薦將植物組織在黑暗中培養(yǎng)1–2天后再進(jìn)行收獲，以避免形成植物代謝物的高水平積累。

心臟、肌肉和皮膚組織

從例如骨骼肌、心臟和皮膚組織一類的樣本中分離RNA可能比較困難，因?yàn)榇祟悩悠分泻写罅康氖湛s性蛋白、結(jié)締組織和膠原。為了去除這些可能對(duì)RNA分離造成干擾的蛋白，需要使用蛋白酶或含苯酚的裂解試劑對(duì)此類樣本進(jìn)行處理。不過(guò)，蛋白酶的消化過(guò)程需要避免RNA發(fā)生降解。

細(xì)菌

細(xì)菌mRNA的很多基本特征都不同于真核生物的mRNA。原核生物的mRNA沒(méi)有5’帽子，也很少具有poly A尾。缺少poly A尾的mRNA無(wú)法通過(guò)雜交進(jìn)行捕獲。另外，也無(wú)法在合成初始鏈的過(guò)程中使用寡聚脫氧胸腺嘧啶核苷（oligo–dT）引物，只能使用隨機(jī)引物作為替代。

此外，細(xì)菌RNA也十分地不穩(wěn)定，快速生長(zhǎng)的品種中RNA的平均半衰期約為3分鐘。某些細(xì)菌的mRNA在翻譯同時(shí)即發(fā)生降解。因此對(duì)于嘗試從細(xì)菌中分離mRNA的研究人員來(lái)說(shuō)，這可算是一個(gè)麻煩。也由于細(xì)菌中的mRNA的周轉(zhuǎn)（從生成到降解）非常快，造成原核生物的基因表達(dá)研究比真核生物更為困難。為了地保留基因表達(dá)譜，并使完好mRNA的得率zui大化，在樣本獲取和加工之前需要對(duì)其進(jìn)行穩(wěn)定處理。

血液

血液直接源于臨床分析的收集樣本。在收集管中使用RNA穩(wěn)定處理試劑可成功保存血液樣本的RNA。從血液中分離RNA的方法，需要能夠確保生成無(wú)污染物或酶抑制劑的高質(zhì)量RNA。血液中所含有的大量酶抑制劑會(huì)對(duì)下游的RNA分析造成干擾。此外，如肝素和EDTA等一類常規(guī)的抗凝血?jiǎng)┮矔?huì)干擾下游分析。應(yīng)注意抗凝血?jiǎng)┎⒉粫?huì)對(duì)RNA起到穩(wěn)定化作用。

人類血液中的紅血球（血紅細(xì)胞）不含細(xì)胞核，因此不會(huì)合成RNA；通常情況下這類細(xì)胞僅含有非常微量的RNA，而不是RNA分離的主要對(duì)象。從全血中分離RNA的主要靶標(biāo)細(xì)胞為白血球（白細(xì)胞），這類細(xì)胞含有細(xì)胞核和RNA。白血球由三種主要的細(xì)胞類型構(gòu)成：淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞和粒細(xì)胞。

由于健康的血液中所含的紅細(xì)胞數(shù)量約為白細(xì)胞的1000倍，去除紅細(xì)胞會(huì)有助于簡(jiǎn)化RNA分離步驟?？赏ㄟ^(guò)選擇性地裂解紅細(xì)胞來(lái)達(dá)到此目的，因?yàn)榧t細(xì)胞對(duì)低滲休克更為敏感（相比白血球），在低滲緩沖液中會(huì)迅速發(fā)生破裂。

裂解紅細(xì)胞的另一種常見(jiàn)替代方法是Ficoll密度——梯度離心法。與紅血球裂解法不同，F(xiàn)icoll密度——梯度離心法僅獲取單核的細(xì)胞（淋巴細(xì)胞和單核細(xì)胞），而會(huì)去除粒細(xì)胞。經(jīng)Ficoll密度––梯度離心法分離出的單核細(xì)胞能夠使用與其他動(dòng)物細(xì)胞一樣的方法進(jìn)行RNA分離。

FFPE組織樣品

福爾馬林固定，石蠟包埋(FFPE)的組織樣本是生物醫(yī)學(xué)研究中的重要和廣泛的樣本來(lái)源。越來(lái)越多的研究者開(kāi)始針對(duì)FFPE樣本開(kāi)始分子水平的分析，因此考慮這些樣本的*屬性以發(fā)展針對(duì)性的分離方法變得越來(lái)越重要。

由于在固定和包埋過(guò)程中使用了甲醛，通常會(huì)使FFPE樣本中的核酸發(fā)生嚴(yán)重的片段化和化學(xué)改變。因此，從FFPE樣本中分離到的核酸會(huì)比新鮮樣本或冰凍樣本的分子量更低。其片段化程度基于樣本類型、保存期長(zhǎng)短，以及固定、包埋和儲(chǔ)存的條件而發(fā)生變化。盡管在凝膠電泳或芯片實(shí)驗(yàn)室（lab–on–a–chip）分析等標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)量控制分析中無(wú)法測(cè)得甲醛修飾情況，但后者實(shí)際會(huì)對(duì)酶學(xué)分析造成嚴(yán)重干擾。

為了將FFPE儲(chǔ)存法對(duì)RNA轉(zhuǎn)錄物的影響降至zui低，應(yīng)牢記下列小貼士：

• 盡可能快地取樣和固定組織
• 不要使用厚度超過(guò)5 mm的樣本，樣本固定時(shí)間不宜過(guò)長(zhǎng)（zui長(zhǎng)24小時(shí)）
• 使用的試劑進(jìn)行石蠟包埋，不要加入其它添加劑
• 盡可能避免對(duì)樣本進(jìn)行染色
• 適當(dāng)?shù)貎?chǔ)存FFPE樣本（RNA在4°C可完好保存至1年，優(yōu)于保存在室溫或更高溫度）
• 使用適當(dāng)?shù)拿撌灢襟E
• RNA分離應(yīng)包含一個(gè)解交聯(lián)的步驟

純RNA可以儲(chǔ)存在–20°C或–70°C的不含RNase的水中。在上述條件下，1年內(nèi)都不會(huì)發(fā)生RNA降解。